私の読解力不足のせいか、この方の主張されていることがさっぱりわからない。

「薬王菩薩が書いてなかったからといって学会の御本尊を否定しているわけではない」
ということだけは理解できた。でも学会の御本尊に祈ったその後、どうなったのだろう？

理路整然としてなくて、煙にまいたような文章で、なんだかモヤモヤする、逆説的理論で遊んでいると感じるのは自分だけなのであろうか。

あのー質問を質問で返すのやめてもらっていいですか。

あなた様の真似をしてみますね↓

「日顕さんが書き忘れたというものが御本尊にどう影響があるのですか？」

では、「学会の御本尊に薬王菩薩が書かれていなかったことがどう生活に影響があるのですか？」